Introduction
Le grand cormoran a un statut d’espèce protégée au niveau national. Il bénéficie également au niveau européen du régime général de la protection de toutes les espèces d’oiseaux visées à l’article 1er de la Directive 2009/147/CE du 30 novembre 2009 relative à la conservation des oiseaux sauvages. La sous-espèce autorisée à la destruction (Phalacrocorax carbo sinensis) est inféodée aux eaux douces, et son aire de répartition s’était progressivement réduite en raison des tirs importants dont elle faisait l’objet, jusqu’à ce que l’espèce soit protégée dans les années 1970. Depuis lors, le nombre moyen de grands cormorans a augmenté jusqu’à atteindre un niveau relativement stable depuis 2013, oscillant autour de 100 000 individus présents. Toutefois, afin de contrôler l’impact du grand cormoran sur les espèces de poissons protégées dans les cours d’eau et plans d’eau et sur les piscicultures en étang, un système dérogatoire à la protection stricte permet de mener des opérations de destruction si les conditions de la dérogation sont réunies. Ces dérogations ne visent pas à réguler l’espèce mais à réduire la prédation dans des zones déterminées.

L’arrêté ministériel cadre du 26 novembre 2010 fixe ainsi les conditions et limites dans lesquelles les dérogations aux interdictions de destruction peuvent être accordées. Il est complété par un arrêté pris tous les 3 ans, qui fixe les quotas départementaux dans les limites desquelles les dérogations peuvent être accordées. Suite à la décision du Conseil d’Etat en date du 8 juillet dernier, annulant l’arrêté du 19 septembre 2022 en tant qu’il ne fixe pas de plafonds départementaux de destruction de grands cormorans en eaux libres pour la période 2022-2025 pour le département du Doubs, et enjoignant aux ministres de prendre un arrêté modificatif fixant des plafonds départementaux de destruction de grands cormorans en eaux libres pour la période 2022-2025, les services de l’Etat ont travaillé avec l’ensemble des acteurs concernés par le grand cormoran pour proposer un nouvel arrêté. L’enjeu est de répondre à l’injonction du Conseil d’Etat, tout en garantissant la conservation de l’espèce et en sécurisant les actes pris en application de l’arrêté ministériel, afin d’éviter les situations de contentieux juridiques.

Par ailleurs, la décision du Conseil d’Etat est intervenue alors que des réflexions étaient en cours avec les représentants des pisciculteurs pour faire évoluer la réglementation relative aux destructions au titre de la protection des piscicultures. Aussi, il a été décidé d’abroger et de remplacer l’arrêté-cadre du 26 novembre 2010, à la fois dans le but d’y définir un seuil pour la fixation des plafonds de destruction sur les cours d’eau et plans d’eau par les préfets (et non plus de le fixer par arrêté triennal), mais aussi d’actualiser la rédaction antérieure sur un certain nombre de points relatifs aux cours d’eau/plans d’eau et aux piscicultures, dont il avait été identifié qu’ils nécessitaient des ajustements.

Principales évolutions de l’arrêté-cadre
La principale proposition de modification de l’arrêté-cadre ministériel concerne la manière de fixer les plafonds de destruction autorisés au titre de la protection des poissons menacés (article 4) : les plafonds seront fixés par les préfets en respectant un seuil défini dans l’arrêté-cadre en fonction du nombre d’oiseaux recensés dans le département. Il est fixé un seuil maximal de 20 % de la population départementale recensée lors du comptage national autorisés à la destruction sur cours d’eau et plans d’eau. Ce chiffre correspond, rapporté en pourcentage, à la somme des plafonds départementaux fixés jusqu’en 2022 sur les eaux libres par rapport au nombre de grands cormorans recensés sur l’ensemble du territoire lors du comptage national. Outre la définition d’un seuil maximal dans l’arrêté-cadre, cette solution est sécurisée par le fait que l’article 1 soit modifié : ce ne sont plus seulement les "risques présentés par la prédation du grand cormoran" mais les "dommages liés à la prédation" "à la condition que des impacts significatifs soient avérés", notamment par la production d’études/d’expertises/de rapports, qui justifient les tirs dérogatoires. Par ailleurs, sur le fond, que les plafonds soient ou non fixés dans un arrêté triennal, il revient dans tous les cas aux préfets de prendre des arrêtés, selon la réalité de la prédation sur leurs territoires, afin d’accorder des dérogations.
Il est également proposé, à des fins de simplification administrative, d’étendre de droit la période de destruction jusqu’au 30 avril (actuellement cette période s’achève le dernier jour de février) et de conserver des possibilités d’interventions complémentaires au-delà sur justification (modification de l’ancien article 13 en conséquence) - le tout, pour les piscicultures uniquement. En effet, les possibilités complémentaires de destruction, couvrant les mêmes périodes, étaient déjà prévues dans la version initiale de l’arrêté.
Par ailleurs, les opérations d’effarouchement du grand cormoran sont souvent les mesures alternatives mises en place préalablement aux destructions. Afin d’améliorer l’encadrement réglementaire de ces opérations qui constituent une perturbation intentionnelle d’une espèce protégée, un article définissant les modalités d’exécution des opérations d’effarouchement a été ajouté (article 8). Il permet à tout bénéficiaire de dérogation à l’interdiction de destruction de réaliser en complément des opérations d’effarouchement. Il s’agit à la fois d’une simplification administrative et d’une sécurisation juridique de cette pratique. Seuls les effarouchements sonores et visuels, aux mêmes périodes et sur les mêmes lieux que les tirs, sont autorisés.
Enfin, afin d’améliorer le suivi des destructions de grand cormoran et de le simplifier, il est ajouté un délai de transmission des comptes-rendus des opérations aux préfets (dans les 24 heures suivant les destructions).

Contenu du texte
Le projet d’arrêté ministériel modifie l’arrêté en vigueur selon les éléments figurant ci-dessous :

• L’article 1er précise l’objet de l’arrêté : y sont désormais mentionnés les effarouchements, puisqu’un article y est consacré dans l’arrêté modifié (article 8). En complément des dispositions portant sur les conditions et limites dans lesquelles les opérations de destruction peuvent être menées, l’ajout d’un article relatif aux opérations d’effarouchement a pour objectif d’encadrer cette perturbation intentionnelle d’espèce protégée au niveau national afin d’harmoniser les pratiques et de les sécuriser juridiquement. L’article est également modifié ainsi : les opérations de destructions ne seront plus autorisées sur les cours d’eau et plans d’eau qu’en cas de dommages liés à la prédation, et à condition qu’un impact significatif soit avéré sur les espèces piscicoles protégées (et non plus uniquement en cas de risque). Cette modification est notamment liée aux nombreuses décisions juridiques ayant annulé des arrêtés préfectoraux autorisant des destructions sur les eaux libres, et qui faisaient mention d’absence d’impact avéré justifiant les dérogations.
• L’article 2 définit les territoires d’intervention. Les zones dans lesquelles sont menées les opérations de destruction au titre de la protection des espèces piscicoles sont ici précisées (cours d’eau, plans d’eau connectés aux cours d’eau et canaux).
• L’article 3 distingue désormais les périodes de destruction au titre de la protection des piscicultures et au titre de la protection des espèces piscicoles. Dans le projet d’arrêté, pour les piscicultures, la période s’étend de droit jusqu’au dernier jour d’avril. La période reste inchangée pour les cours d’eau et plans d’eau. Il est précisé que les effarouchements peuvent être réalisés durant les mêmes périodes que les tirs de destruction.
• A l’article 4 est effectué un ajustement rédactionnel, le terme « quotas » étant remplacé par « plafonds », afin de mieux signifier que le nombre de grands cormorans autorisés à la destruction est un maximum et non un objectif à atteindre (cette modification avait déjà été opérée lors de l’élaboration de l’arrêté triennal 2022/2025). L’arrêté-cadre fixe le seuil au-delà duquel les destructions seront interdites : 20 % de la population estimée dans le département lors du dernier recensement national. Ainsi, il ne sera plus nécessaire de fixer un plafond de destruction par département sur les eaux libres dans l’arrêté triennal.

Un transfert inter-annuel de reliquat de plafond est proposé pour les seules piscicultures dans la limite de 20 % du plafond annuel autorisé en pisciculture.

• L’article 5 définit les piscicultures en étang et reste inchangé par rapport à l’arrêté-cadre de 2010.
• L’article 6 précise les bénéficiaires des dérogations à l’interdiction de destruction accordées pour prévenir des dégâts aux piscicultures : les exploitants, leurs ayants-droit et toutes personnes qu’ils délèguent titulaires d’un permis de chasser valable pour l’année en cours. Y figure uniquement un ajustement rédactionnel.
• L’article 7 traite de l’organisation des opérations de destruction sur les cours d’eau et plans d’eau. Cet article est simplifié et prévoit que les personnes autorisées veillent à la cohérence des opérations prévues, si besoin avec l’appui technique d’agents assermentés. Il précise quelles personnes peuvent être mandatées par les agents assermentés pour procéder aux tirs.
• L’article 8 est un nouvel article encadrant les opérations d’effarouchement. Il permet à tout bénéficiaire de dérogation à l’interdiction de destruction de réaliser en complément des opérations d’effarouchement. Seuls les effarouchements sonores et visuels, aux mêmes périodes et sur les mêmes lieux que les tirs, sont autorisés. Une mention précise la nécessité de prendre toutes les précautions pour éviter la perturbation des espèces à proximité des opérations et pour ne pas compromettre l’état de conservation des espèces protégées. En raison de l’ajout de ce nouvel article, la numérotation des articles suivants est décalée d’un rang par rapport au texte de 2010.
• L’article 9 (ancien article 8) encadre les opérations de tir. Il prévoit que les destructions peuvent être réalisées uniquement en journée et jusqu’à 100 mètres des cours d’eau et plans d’eau. Il est indiqué que des précautions doivent être prises afin de ne pas perturber les espèces qui nichent à proximité des zones de tirs ni compromettre l’état de conservation des espèces protégées. Auparavant ce paragraphe figurait à l’article 13, toutefois l’allongement de la période de destruction en pisciculture a nécessité d’intégrer cette mention pour les opérations générales et plus uniquement pour les mesures complémentaires (cf infra).
• L’article 10 (ancien article 9) prévoit la suspension des opérations une semaine avant le dénombrement des oiseaux d’eau chaque année. Il est précisé que ces comptages sont organisés en janvier.
• L’article 11 (ancien article 10) précise que les destructions doivent s’effectuer selon les règles de la police de la chasse, notamment s’agissant de l’interdiction de la grenaille de plomb. Deux mentions sont ajoutées : l’interdiction d’utiliser le plomb s’étend sur un périmètre de 100 mètres autour des zones humides – les destructions peuvent s’effectuer par armes rayées lorsque les oiseaux sont posés au sol et immobiles, de manière à garantir un tir fichant.
• L’article 12 (ancien article 11) est modifié pour préciser que les bagues récupérées sur les oiseaux morts doivent être envoyées Centre de Recherches sur la Biologie des Populations d’Oiseaux.
• L’article 13 (ancien article 12) traite des comptes-rendus des opérations. Il est complété afin d’y inclure un délai de transmission de ces comptes-rendus d’opérations de destruction au préfet (24 heures suivant les destructions). L’objectif est ainsi d’améliorer le suivi des tirs.
• L’article 14 (ancien article 13) prévoit des possibilités complémentaires d’intervention sur les piscicultures (avant et après la période de destruction). Est supprimé le paragraphe qui prévoyait des interventions complémentaires jusqu’au 30 avril puisqu’en pisciculture la période de destruction s’est vue élargie par l’article 3. Le dernier paragraphe relatif aux précautions à prendre est déplacé à l’article 9 puisqu’il s’applique à la fois pour les opérations générales et les opérations complémentaires (cf supra).
• L’article 15 (ancien article 14) permet que des opérations exceptionnelles puissent être menées à tout moment de l’année par des agents assermentés, à la fois sur les piscicultures et sur les cours d’eau/plans d’eau en cas d’impacts particulièrement importants. La rédaction est ajustée pour que la terminologie employée dans l’ensemble du texte soit harmonisée.
• L’article 16 (ancien article 15) concerne les opérations exceptionnelles de destruction des nids et des œufs. Il est conservé dans sa rédaction initiale, mais une mention visant à éviter la perturbation des autres espèces est ajoutée. Ainsi, les interventions ne peuvent s’effectuer que sur les colonies non mixtes.
• L’article 17 (ancien article 16) concerne les bilans des opérations. Les dates de transmission des bilans par les préfets aux ministres sont ajustées pour mieux correspondre aux périodes de destruction.
• L’article 18 abroge l’arrêté du 26 novembre 2010, ce projet d’arrêté ayant vocation à le remplacer.
• L’article 19 (ancien article 17) est l’article d’exécution. Il est actualisé suite aux modifications des périmètres des ministères et à la création de l’Office français de la biodiversité.

Consultations obligatoires :

• Le Conseil national de la protection de la nature (CNPN) a été consulté le 16 octobre 2024 et s’est prononcé défavorablement.

Lien vers le site : https://www.avis-biodiversite.developpement-durable.gouv.fr/08-octobre-2024-avis-cnpn-plenier-a432.html

• La consultation du public est ouverte du 18 octobre au 8 novembre inclus. En application du dernier alinéa du II. de l’article L.123-19-1 du code de l’environnement, les observations du public pour cette consultation sont rendues accessibles au fur et à mesure de leur réception.

Pièces jointes :

• Le projet d’arrêté fixant les conditions et limites dans lesquelles des dérogations aux interdictions de perturbation intentionnelle et de destruction peuvent être accordées par les préfets concernant les grands cormorans (Phalacrocorax carbo sinensis);
• L’arrêté du 26 novembre 2010 (en vigueur) fixant les conditions et limites dans lesquelles des dérogations aux interdictions de destruction peuvent être accordées par les préfets concernant les grands cormorans (Phalacrocorax carbo sinensis);
• L’arrêté du 19 septembre 2022 fixant les plafonds départementaux dans les limites desquelles des dérogations aux interdictions de destruction peuvent être accordées par les préfets concernant les grands cormorans (Phalacrocorax carbo sinensis) pour la période 2022-2025;
• La décision du Conseil d’Etat en date du 8 juillet 2024 enjoignant au ministre de l’agriculture et de la souveraineté alimentaire et au ministre de la transition écologique et de la cohésion des territoires de prendre un arrêté modificatif fixant des plafonds départementaux de destruction de grands cormorans en eaux libres pour la période 2022-2025.